Comparative Genomics of Caribbean Parrots Amazona sp.
Попугаи рода Amazona, обитающие на островах бассейна Карибского моря, находятся под угрозой исчезновения из-за уничтожения естественной среды обитания и интенсивного отлова для содержания в неволе.
Информация о детальной структуре и функционировании геномов этих животных может быть использована для картирования признаков, анализа эволюции генов и генных семейств у птиц, в филогенетических и популяционных исследованиях, а также помочь в сохранении исчезающих видов. В рамках данного проекта были проаннотированы гены с использованием референса и поиска гомологии и de novo, проаннотированы повторы с использованием различных программ, подсчитаны проценты различных типов повторов. Наконец, были проаннотированы SNV и предсказаны их эффекты. На следующем этапе работы мы осуществляли поиск генов de novo с использованием встроенных моделей Augustus а также после тренировки на собственном сете генов. Была проведена верификация получившейся аннотации при помощи выравнивания транскриптомных ридов. При помощи PSMC (Pairwise Sequentially Markovian Coalescent model) и некоторых других тулов была проведена оценка истории эффективного размера популяции, найдены вероятные эффекты бутылочного горлышка.
Мы планируем, помимо уже сделанного, расширить и уточнить аннотацию генов, оценить надежность подобранных параметров для моделирования популяционной истории, произвести подобный же анализ с использованием других методов и геномов.