Приложение для клинической интерпретации онкоэкзома человека
Цель – за три месяца создать программу, которая сможет приносить пользу реальным людям. Это приложение должно будет уметь анализировать экзом человека, больного раком, и помогать врачу принять правильное решение о том, какая терапия может быть эффективной.
Основные задачи биолога:
- разработка алгоритмов аннотирования и фильтрации найденых мутаций;
- создание и курирование баз данных с информацией о мутациях, имеющих клиническое значение, и таргетных препаратах и их мишенях;
- тестирование приложения на данных, полученных на различных платформах.
Основные задачи информатика:
- написание скриптов для аннотирования/фильтрации мутаций;
- написание скриптов для визуализации данных с использованием, например, библиотеки D3.js;
- написание скриптов для генерации pdf-отчетов, содержащих наиболее важную для врача информацию;
- интеграция приложения в одну из существующих биоинформационных платформ.
Время выполнения проекта:
Feb 2014 — May 2014