Скаффолдинг контигов с использованием базы генов

Проект ставит своей целью проверить возможность использования базы генов организма (возможно, родственного) для улучшения качества сборки генома. Используется относительное положение экзонов одного гена в хромосоме и в случае достаточно хорошего в правильном порядке выравнивания всех экзонов гена можно сказать, что порядок последовательностей, на которые эти экзоны выровнялись, определён. Для более точного выявления правильных рёбер и исключения ложных соединений использовалась также фильтрация обнаруженных рёбер по некоторым эвристическим правилам.

Студент:
   Тимофей Бондарев
Время выполнения проекта: Feb 2014 — May 2014
Файлы:
   bondarev_final_31052014.pdf