Haplotype Assembly in dipSPAdes

dipSPAdes является новым приложением, разработанным в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ и предназначенным для сборки высоко полиморфных диплоидных геномов. Целью настоящего проекта является разработка и интеграция в dipSPAdes алгоритма, позволяющего de novo собирать гапломы диплоидных геномов (haplotype assembly) на основе подхода, уже реализованного в dipSPAdes. Для достижения поставленной цели была адаптирована концепция двудольного взвешенного конфликт-графа, а также разработан алгоритм его построения. Это, в свою очередь, позволило реализовать (пока, частично) сборку гапломов в рамках dipSPAdes. Для тестирования предложенного подхода был разработан набор скриптов на Python для симуляции данных секвенирования диплоидных геномов.