Dragonfly genome project

Задачей проекта являлось изучение генома стрекозы. Были пойманы и определены стрекозы, выделена и подготовлена к отправке ДНК, оценено ее качество, определен размер генома методом реалтайм ПЦР, изучены типы повторов на основе кривой реассоциации. Рассмотрена филогения стрекоз. Были изучены консервативные гены развития на основе сопоставления их с генами дрозофилы, детально рассмотрен оказавшийся высоковариабельным Met ген, первоначально не найденный в сборке Ladona Fulva инструментом MegaBLAST. Множественное выравнивание белков Met-гена разных насекомых и определение функциональных доменов позволило найти и проаннотировать данный ген в сборке. В ходе работы над проектом был опробован паплайн аннотации ( поиск повторов (база и де-ново), поиск генов (база и де-ново), сборка транскриптома, скоринг, аннотация). Проект продолжается. Промежуточная презентация проекта.