Complete assembly of repetitive HSV genomes from short reads

Были даны парные риды ДНК одного из штаммов простого герпеса. Риды содержали контаминации, которые нужно было убрать. Для этого использовалось несколько разных методов: выравнивание по вирусному референсу, выравнивание по референсу человека и анализ покрытия. Контаминации отсеивались, после чего риды несколькими способами собирались в контиги. Используя информацию о парности ридов, были собраны скаффолды. Собрать и аннотировать геном целиком не удалось, возможно, из-за ошибки на каком-то из этапов. Работа над проектом познакомила с основными этапами и алгоритмами сборки, с некоторыми биоинформатическими инструментами и базами данных.