Сборка геномов различных штаммов дрожжей
Дрожжи Saccharomyces cerevisiae относятся к Царству Грибов, отделу Сумчатых Грибов (Ascomyсota). Они активно используются в промышленности (виноделии, хлебопечении и т.д.), а также являются модельным генетическим объектом. S. cerevisiae (штамм S288C) - первый эукариотический организм, чей геном был полностью отсеквенирован. В базе данных, посвященной дрожжам (Saccharomyces Genome Database), представлена информация о секвенировании еще 32-ух штаммов S. cerevisiae, отличных от S288C. Однако, существенным упущением является тот факт, что геномы этих штаммов собраны до контигов, но не целых хромосом.
Целью нашей работы была сборка всех 32-ух штаммов S. cerevisiae, имеющихся в SGD. Для достижения этой цели мы использовали программу ABACAS, которая позволяет собирать контиги в скэффолды, при этом выравнивание осуществляется "похромосомно". Оценку качества сборки контигов до хромосом дрожжей проводили с использованием программ LastZ, QUAST и CEGMA, результаты выполнения которых свидетельствуют о том, что сборка всех 32-ух штаммов оказалась успешной
Время выполнения проекта:
Sep 2013 — Dec 2013