Gene Expression Profiling of Colon Cancer Metastatic Cells by RNA-sequencing

Проект посвящён основной проблеме современной онкологии метастазированию. Целью проекта являлся сравнительный анализ транскриптомов четырёх линий клеток рака прямой кишки с различной способностью к метастазированию. В рамках проекта был проведён анализ данных РНК секвенирования с использованием двух различных подходов: c использованием последовательности референсного генома и сборка de novo без использования референса. В результате анализа были получены две различные базы данных, содержащие информацию о профилях экспрессии генов, представленных в транскриптомах. Был выделен набор транскриптов, имеющих повышенную экспрессию в клеточных линиях с высокой способностью к метастазированию. Данные, полученные с использованием двух различных подходов, оказались сопоставимы между собой.