MGRA [2,3,..].0

MGRA (Multiple Genome Rearrangements and Ancestors) - это инструмент, позволяющий восстанавливать геномы предков и историю геномных перестроек по нескольким входным геномам. Принимая на вход филогенетическое дерево, листьями которого являются заданные геномы организмов, представленные в виде последовательностей генов (или блоков синтений), MGRA реконструирует геномы их предков во всех внутренних вершинах дерева. Разработанный инструмент MGRA2, являющийся вторым поколением MGRA, поддерживает геномы, в которых наряду с геномными перестройками возможны вставки и удаления генов. В MGRA2 также усовершенствованы существующие алгоритмы и добавлены новые шаги для восстановления геномных перестроек в сложных случаях, возникающих когда они "разрывают" геном в одних и тех же местах (т.н. breakpoint reuse).

Студент:
   Павел Авдеев
Куратор:
   Максим Алексеев
Время выполнения проекта: Sep 2013 — Dec 2013
Файлы:
   avdeyev_final_21122013.pdf