Поиск альтернативы MaxQuant для анализа протеомных данных (масс-спектрометрия без использования метки)
Сегодня количественная протеомика на основе данных масс-спектрометрии гидролизированных белков — это самый популярный метод изучения протеома живых клеток.
Одним из наиболее распространённых решений для анализа таких данных является программа MaxQuant [1], представляющая собой многофункциональную платформу для идентификации белков по масс-спектрам с использованием как общедоступных, так и собственных баз данных, и количественного анализа белков. Программа проста в использовании и проверена временем, однако у неё есть такие серьёзные недостатки, как запуск только в операционной системе Windows и работа в режиме GUI. Целью данного проекта является поиск альтернатив MaxQuant и сравнение их применимости к решению с использованием конкретных данных протеогеномного проекта «Протеомные механизмы стресс-ответа эндемичной байкальской амфиподы Eulimnogammarus cyaneus».
В задачи проекта входит:
- анализ алгоритмов, применяемых на платформе MaxQuant, и поиск существующих альтернатив;
- сравнение существующих альтернатив и выбор;
- разработка пайплайна, позволяющего автоматизировать анализ больших объёмов подобных данных в будущем.
В качестве тестируемых данных использовали пептидные спектры триптических гидролизатов тотального белка амфипод, предварительно фракционированного по молекулярной массе методом 1D PAGE, полученные методом nano-HPLC/nano-ESI-MS/MS на приборе LTQ Orbitrap (Thermo Scientific), поскольку именно такие данные планируется обрабатывать в дальнейшем.