Александр Предеус
Александр Предеус закончил Химический факультет МГУ им. Ломоносова в 2003-м году. После этого учился в аспирантуре Michigan State University под руководством William D. Wulff, по результатам чего в 2009-м году получил степень Ph.D. Далее Александр сменил род деятельности, и изучал молекулярную динамику протеинов и комплексов протеинов с ДНК под руководством Michael Feig. C 2012 по 2015-й год изучал биоинформатику высокоэффективного секвенирования (RNA-seq, ChIP-seq) под руководством Максима Артемова в Washington University School of Medicine (St. Louis). С августа 2015-го года Александр возглавляет научную работу в Институте биоинформатики.
Последняя версия CV.
Если у вас есть вопросы, пишите на адрес predeus at gmail.com.
Организация: Институт Биоинформатики
Преподаваемые курсы:
| Название курса | Начало | Окончание | Преподаватель |
|---|---|---|---|
| Практические навыки биоинформатического анализа последовательностей | 13 Apr 2016 | 13 May 2016 | Александр Предеус |
Руководитель проектов:
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| Development and improvement search strategies in the GeneQuery system | Feb 2017 | Jun 2017 |
Лаврентий Данилов Родион Сахабеев |
Александр Предеус |
| The optimization of de novo transcriptome assembly strategies | Feb 2017 | Jun 2017 |
Максим А. Нестеренко Пётр Кусакин |
Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| NGS в HLA-типировании | Sep 2016 | Dec 2016 | Екатерина Купряшова | Александр Предеус |
| Имплементация определителя широких пиков ChIP-seq на базе алгоритма SICER, и валидация его работы на расширенном наборе экспериментальных данных | Sep 2016 | Dec 2016 | Игорь Бездворных | Александр Предеус |
| Исследование транскриптома человека в норме и при патологиях | Sep 2016 | Dec 2016 | Максим А. Нестеренко | Александр Предеус |
| Поиск молекулярных основ дифференциальной окраски хромосом | Sep 2016 | Dec 2016 | Дарья Зенкова |
Александр Предеус Юрий Барбитов |
| Разработка алгоритма деконволюции экспериментов РНК-сек для определения содержания иммунных клеток в образцах раковых опухолей | Sep 2016 | Dec 2016 |
Максим Холматов Полина Козюлина |
Александр Предеус |
| Разработка и улучшение поисковых стратегий в системе GeneQuery | Sep 2016 | Dec 2016 |
Валерия Богданова Елена Плеханова |
Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| SICER (?) 2 | Jun 2016 | Sep 2016 | Игорь Бездворных | Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| Search for functional NF-kB binding sites via meta-analysis of NGS experiments in human cell lines | Feb 2016 | May 2016 | Николай Панюшев | Александр Предеус |
| Мета-анализ экспрессии генов в жировой ткани человека | Feb 2016 | May 2016 | Дмитрий Смирнов | Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции | Sep 2015 | Dec 2015 | Юрий Барбитов | Александр Предеус |
| Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома | Sep 2015 | Dec 2015 | Эрик Живкопляс | Александр Предеус |
| Разработка R-пакета для деконволюции типов клеток по данным экспрессии | Sep 2015 | Dec 2015 | Анастасия Коростелева | Александр Предеус |
| Разработка R-пакета для деконволюции типов клеток по данным экспрессии | Sep 2015 | Dec 2015 | Марина Слащева | Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| ClusDec: де-ново деконволюция клеточных типов из данных транскрипции без использования клеточных подписей. | Sep 2015 | Sep 2015 | Александр Предеус |
| Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
|---|---|---|---|---|
| BroadPeaks - ре-имплементация алгоритма SICER для определения пиков в соответствующих экспериментах ChIP-Seq. | Jun 2015 | Aug 2015 | Александр Предеус |
| Гостевая лекция | Дата и время проведения | Лектор |
|---|---|---|
| Зачем биологам суперкомпьютеры: "машина чудес" и истории успеха на стыке биологии, математики и программирования | 8 Dec 2015 - 19:00 to 20:00 | Александр Предеус |