Объединение моделей аннотации генов и коррекция аннотации

Есть множество способов аннотации генов в геноме, но пока нет единственного правильного; каждый из подходов обладает как плюсами, так и минусами. В разное время было предпринято несколько попыток создания программ для объединения аннотаций. В ходе этой работы мы на примере генома нового штамма хорошо изученного вида сравнили как de novo (GeneMark, Augustus, SNAP), так и основанные на гомологии (liftOver,  Exonerate) подходы к аннотации генов. Эти программы выдают результат своей работы в разных форматах (gtf, gff3, bed); для перевода данных из одного формата в другой написаны собственные скрипты. Затем полученные аннотации визуализировали в браузере UCSC. Наконец, мы попробовали использовать разные программы (Glean, Maker2, EVM, Jigsaw) для объединения аннотаций и получили единую аннотацию с помощью Maker2.