Аспиранты в лабораторию моделирования биоэнергетических процессов

Тематики работы лаборатории:

1) Биоинформатический анализ энергопреобразующих ферментов:

  • филогеномный и сравнительный геномный анализ, эволюционные реконструкции;
  • работа с Кластерами Ортологичных Групп (КОГами);
  • анализ геномного окружения.

Требуется: наличие базовых навыков программирования или, по крайней мере, готовность и желание овладеть ими в ходе интенсивного обучения.

Контакт: Dr. rer. nat., с.н.с. Дарья Владимировна Диброва, ddibrova@uni-osnabrueck.de

2) Молекулярно-динамическое моделирование биоэнергетических ферментов:

  • взаимодействие цитохромного bc1-комплекса с кардиолипином в мембране;
  • взаимодействие цитохрома c с кардиолипином.

Требуется: предыдущий опыт работы с молекулярно-динамическими симуляциями.

Контакт: к. ф.-м. н., в.н.с. Дмитрий Александрович Черепанов, tscherepanov@gmail.com

Мы сотрудничаем с Оснабрюкским университетом (ФРГ) и с группой Е.В. Кунина (National Center for Biotechnology Information, NLM, NIH, США). В рамках работы над кандидатской диссертацией в аспирантуре ФББ МГУ предполагаются продолжительные рабочие поездки в Германию.

Работы по данным темам финансируются Российским научным фондом и Немецкой службой академических обменов (DAAD).

Некоторые наши публикации:

  1. A.Y. Mulkidjanian, K.S. Makarova, M.Y. Galperin and E.V. Koonin (2007) Inventing the dynamo machine: the evolution of the F-type and V-type ATPases. Nature Reviews Microbiology, 5, 892-899.
  2. D.V. Dibrova, M.Y. Galperin, A.Y. Mulkidjanian (2010) Characterization of the N-ATPase, a distinct, laterally transferred Na+-translocating form of the bacterial F-type membrane ATPase. Bioinformatics, 26, 1473-1476.
  3. A.Y. Mulkidjanian, A.Y. Bychkov, D.V. Dibrova, M.Y. Galperin, E.V. Koonin (2012) Origin of first cells at terrestrial, anoxic geothermal fields. Proc Natl Acad Sci USA, 109, E821-830.
  4. E.V. Koonin, A.Y. Mulkidjanian (2013) Evolution of Cell Division: From Shear Mechanics to Complex Molecular Machineries, Cell, 152(5), 942-944.
  5. D.V. Dibrova, D.A. Cherepanov, M.Y. Galperin, V.P. Skulachev and A.Y. Mulkidjanian (2013) Evolution of cytochrome bc complexes: from membrane electron translocases to triggers of apoptosis. Biochim. Biophys. Acta, 1827(11-12), 1407-27.
  6. D.V. Dibrova, M.Y. Galperin, A.Y. Mulkidjanian (2014) Phylogenomic reconstruction of archaeal fatty acid metabolism. Environ Microbiol., 16(4):907-18.

Заведующий лабораторией: д.б.н., проф., Армен Яковлевич Мулкиджанян: amulkid@uni-osnabrueck.de

Компания: НИИ Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского

Место: Москва