Сравнительный анализ методов предсказания сайтов редактирования РНК в транскриптоме

РНК-редактирование является важным механизмом диверсификации транскриптома, позволяющим клеткам эукариот варьировать репертуар производимых белков в ответ на изменения внешних условий. Развитие технологий NGS сделало возможным поиск сайтов редактирования в масштабе полного транскриптома, что позволяет исследовать роль этого процесса в патогенезе раковых заболеваний.

Приоритетной задачей в этой области является поиск сайтов РНК-редактирования de novo на основе только данных RNA-seq. Сравнительный анализ существующих методов поиска показал, что ни один из них не позволяет получить надёжных результатов, не нуждающихся в многоуровневой постфильтрации. Поиск сайтов производился в транскриптоме клеточной линии K-562 двумя алгоритмами: REDITools и RED.

Было показано, что данные методы не могут эффективно отделить сайты РНК-редактирования от гомо- и гетерозиготных SNP без использования данных геномного секвенирования и некорректно оценивают шум в эксперименте (ошибки секвенирования и выравнивания). В найденных сайтах также существует явное смещение в сторону позиций с аномально высоким уровнем редактирования, что не согласуется с характеристиками ферментативной реакции.

Полученные результаты показывают необходимость дальнейших исследований в этой области и разработки нового подхода для решения поставленной задачи.