Transposable Elements Atlas

Проект заключается в создании полноценного геномного браузера, специализирующегося на визуализации мобильных элементов генома человека — транспозонов и ретротранспозонов, загружаемых из внешнего источника (файла с данными анализа таргетного секвенирования конкретного пациента) или из стандартной библиотеки.

Существующие аналоги (как, например, UCSD Genome Browser) не подходят ввиду медленной обработки запросов и способа отображения результата, а так же избыточности не целевой информации. По этой причине главным требованием к проекту является скорость работы даже при достаточно большом количестве отображаемых данных, доступность, простота развёртывания на локальной машине и ряд дополнительного функционала, связанного с отображением ретротранспозонов, а именно:

1. Сравнение мобильных элементов со стандартными последовательностями такого типа.
2. Построение филогенетического дерева (по данным таргетного секвенирования).
3. Определение типа мобильного элемента.
4. Наложение карты мобильных элементов на геномную карту с подсветкой интронно­экзонной структуры и данным ChIP­seq.