NGS Analyst

В «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ под руководством профессора Павла Певзнера требуется сотрудник для работы над совместными проектами с Научно-исследовательским Институтом акушерства и гинекологии им. Д.О. Отта и «Биобанком» СПбГУ. Задача — обработка и интерпретация NGS-данных, создание программных пайплайнов, написание совместных статей.

Требования:

• Базовые знания молекулярной биологии, геномики и клинической генетики.
• Опыт работы c данными NGS-секвенирования (ДНК, РНК) человека.
• Опыт работы с Unix/Linux.
• Опыт программирования (желательно python, bash) и построения pipeline из существующих программ.

Желательно:

• Опыт использования платформ Illumina BaseSpace, Ion Reporter, и т.п.
• Знание основ машинного обучения и статистики.

Задачи над которыми нужно будет работать:

• Анализ NGS-данных (Illumina and IonTorrent): геном, экзом, транскриптом человека.
• Поиск, фильтрация и определение клинической значимости мутаций (SNP/CNV).
• Составление баз данных клинически значимых мутаций (на основе собственных клинических данных и поиск имеющихся в открытом доступе баз мутаций по определенным заболеваниям).
• Создание программного продукта для определения биомаркеров рецептивности эндометрии (лучшего времени для искусственного оплодотворения) на основе профилей экспрессии.

Примеры заданий:

• Имеется РНК-панель на 421 ген. Необходимо сравнить профили экспрессии РНК в зависимости от исхода эксперимента (4 и 5 образцов соответственно). BAM файлы выровнены на каноническую РНК. Найти гены, которые могут служить предикторами исхода эксперимента.
• Анализ данныз NGS-секвенирования семьи (например, ребенок-мать-отец). Требуется найти, отфильтровать и проанализировать мутации, которые имеют клиническую значимость. Данные — DNAseq (IonTorrent).

Условия работы:

• Полный рабочий день.
• Офисы на Васильевском острове и в Петергофе.
• Сотрудничество с медиками и биоинформатиками институтов Отта, трансляционной биомедицины СПбГУ, Биобанка.
• Возможность участия в конференциях в России и зарубежом, публикации в крупнейших научных журналах.
• Зарплата на уровне ведущих биоинформатических компаний СПб.

Контакты:

Владислав Савельев, vladislav.sav [at] gmail.com