Анализ данных NGS, осень 2015
Курс: Алгоритмы в биоинформатике.
Преподаватель: Андрей Пржибельский.
Даты: Sep 2015 — Dec 2015.
В рамках этого курса студенты узнают о различных применениях Next Generation Sequencing и анализе больших объемов данных секвенирования. В курсе будут рассмотрены несколько алгоритмов, специфичных для анализа данных NGS, которые не включены в базовый курс “Алгоритмы в биоинформатике”. В домашних заданиях студентам будет предложен самостоятельный анализ реальных данных. Студенты должны будут научиться работать на сервере, запускать существующие популярные биоинформатические утилиты, писать собственные скрипты для анализа данных и, главное, понимать и интерпретировать получаемые результаты.
Программа курса:
1. Introduction to NGS data analysis
2. Mapping Illumina reads with Bowite
3. Mapping IonTorrent/454 reads with BWA/Bowtie2
4. SNP detection: GATK, SAM-tools, Tablet
5. Read error correction using Quake
6. Genome assembly advanced (simplification algorithms, Velvet, SPAdes)
7. Dealing with RNA-Seq data (TopHat, Trinity)
8. Other NGS applications, various topics
Итоговая аттестация: зачет