Анализ данных Next Generation Sequencing, весна 2012
Курс: Next Generation Sequencing.
Преподаватель: Андрей Пржибельский.
Даты: Feb 2012 — May 2012.
Курс состоит из лекций и практических домашних заданий. На лекциях студенты узнают о более специфичных алгоритмах, которые используются в современных биоинформатических программах, и которые не включены в базовый курс “Алгоритмы в биоинформатике”. В рамках домашних заданий студенты должны научиться работать с биоинформатичеким ПО, а также писать собственные скрипты для анализа данных.
Краткое содержание курса:
- Введение в NGS, секвинирование и основные форматы данных
- Выравниватель Bowtie, анализ данных с его помощью
- Утилиты BWA, SAM tools, Tablet
- Использование графа де Брюйна при сбооке геномов, ассемблер Velvet
- Сборка генома по одной клетке (single cell assembling), ассемблер SPAdes
- Оценка качества сборки генома
- Разрешение повторов, Paired de Bruijn graph, Rectangle graph
- Исправление ошибок в ридах, утилита Quake
Практические задания:
- Анализ сырых данных, GC состав, простые скрипты для работы с ридами
- Анализ данных по референсному геному с утилитой Bowtie
- Анализ данных по референсному геному с утилитой BWA
- Построение де Брюйн графа
- Упрощение де Брюйн графа
| # | Лекции и файлы | Дата и время |
|---|---|---|
| 1 |
Введение в анализ NGS ngs_1_0.pdf |
24 Feb 2012 - 20:45 to 22:30 |
| 2 |
Выравниватели. Bowtie ngs_2_0.pdf |
2 Mar 2012 - 20:45 to 22:30 |
| 3 |
Выравниватели. BWA, Tablet ngs_3.pdf |
13 Mar 2012 - 20:45 to 22:30 |
| 4 | Практическое занятие | 16 Mar 2012 - 20:45 to 22:30 |
| 5 | Сборка геномов, де Брюйн граф, ассемблер Velvet | 23 Mar 2012 - 20:45 to 22:30 |
| 6 | Сборка геномов по одной клетке, ассемблер SPAdes | 30 Mar 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 7 | Практическое занятие | 6 Apr 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 8 | Оценка качества сборки генома | 13 Apr 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 9 | Практическое занятие | 20 Apr 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 10 | Разрешение повторов | 11 May 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 11 | Исправление ошибок в ридах, утилита Quake | 18 May 2012 - 19:45 to 21:30 |
| 12 | Зачёт | 26 May 2012 - 19:45 to 21:30 |