Анализ данных Next Generation Sequencing, весна 2012

Курс: Next Generation Sequencing.

Преподаватель: Андрей Пржибельский.

Даты: Feb 2012 — May 2012.


Курс состоит из лекций и практических домашних заданий. На лекциях студенты узнают о более специфичных алгоритмах, которые используются в современных биоинформатических программах, и которые не включены в базовый курс “Алгоритмы в биоинформатике”. В рамках домашних заданий студенты должны научиться работать с биоинформатичеким ПО, а также писать собственные скрипты для анализа данных.

Краткое содержание курса:

  1. Введение в NGS, секвинирование и основные форматы данных
  2. Выравниватель Bowtie, анализ данных с его помощью
  3. Утилиты BWA, SAM tools, Tablet
  4. Использование графа де Брюйна при сбооке геномов, ассемблер Velvet
  5. Сборка генома по одной клетке (single cell assembling), ассемблер SPAdes
  6. Оценка качества сборки генома
  7. Разрешение повторов, Paired de Bruijn graph, Rectangle graph
  8. Исправление ошибок в ридах, утилита Quake

Практические задания:

  1. Анализ сырых данных, GC состав, простые скрипты для работы с ридами
  2. Анализ данных по референсному геному с утилитой Bowtie
  3. Анализ данных по референсному геному с утилитой BWA
  4. Построение де Брюйн графа
  5. Упрощение де Брюйн графа
# Лекции и файлы Дата и время
1 Введение в анализ NGS

PDF icon ngs_1_0.pdf
24 Feb 2012 - 20:45 to 22:30
2 Выравниватели. Bowtie

PDF icon ngs_2_0.pdf
2 Mar 2012 - 20:45 to 22:30
3 Выравниватели. BWA, Tablet

PDF icon ngs_3.pdf
13 Mar 2012 - 20:45 to 22:30
4 Практическое занятие 16 Mar 2012 - 20:45 to 22:30
5 Сборка геномов, де Брюйн граф, ассемблер Velvet 23 Mar 2012 - 20:45 to 22:30
6 Сборка геномов по одной клетке, ассемблер SPAdes 30 Mar 2012 - 19:45 to 21:30
7 Практическое занятие 6 Apr 2012 - 19:45 to 21:30
8 Оценка качества сборки генома 13 Apr 2012 - 19:45 to 21:30
9 Практическое занятие 20 Apr 2012 - 19:45 to 21:30
10 Разрешение повторов 11 May 2012 - 19:45 to 21:30
11 Исправление ошибок в ридах, утилита Quake 18 May 2012 - 19:45 to 21:30
12 Зачёт 26 May 2012 - 19:45 to 21:30