Семинар по биоинформатике, весна 2015

Курс: Journal Club.

Преподаватель: Элина Радченко.

Ассистенты: Александр Ткаченко.

Даты: Feb 2015 — Jun 2015.


Семинар проводится в формате Journal Club совместно для студентов двух программ ("Алгоритмическая биоинформатика" и "Биоинформатика для биологов") и посвящен разбору актуальных научных статей из области биоинформатики.

На каждое занятие выносится одна тема для обсуждения. В каждой теме выбираются пять статей, объединенных общей идеей. На каждую статью кураторы формируют группы студентов по 3-4 человека. Все участники должны представить доклад по прочитанной статье на 15 минут. После развивается дискуссия, в которой студенты и кураторы обсуждают и анализируют представленные статьи.

Вторая часть работы на семинаре состоит в том, что каждый участник должен будет вести "learning diary". Это дневник, в который он будет записывать краткий аналитический обзор прошедшего занятия. Другие участники читают статьи своих однокурсников и продолжают обсуждение темы в дискуссиях.

Цели семинара -- расширение общего научного кругозора по биоинформатике, практика ведения дискуссий, чтение и анализ научных статей на английском языке.

Темы:

  1. Предсказание свойств белков по последовательности.
  2. Гистоновый код.
  3. Некодирующие РНК, их аннотация, возможно, только длинные некодирующие РНК.
  4. Neuroscience.
  5. Анализ комплексных заболеваний на основе NGS. 
  6. Использование NGS в криминалистике.
  7. Множественное выравнивание.
  8. Структурная биология: предсказание фолдинга белка (его пространственной структуры).
  9. “Сложные” геномы: полиплоидные, высоко-вариативные (и пангеномы).
  10. Подходы к построению филогенетических деревьев.
  11. Сборка генома.
  12. GWAS.
  13. Белок-белковые взаимодействия.
  14. Эпигенетика.
  15. РНК и РНК-сборка, алгоритмы.
  16. Метагеномика.