Семинар по биоинформатике, весна 2015
Курс: Journal Club.
Преподаватель: Элина Радченко.
Ассистенты: Александр Ткаченко.
Даты: Feb 2015 — Jun 2015.
Семинар проводится в формате Journal Club совместно для студентов двух программ ("Алгоритмическая биоинформатика" и "Биоинформатика для биологов") и посвящен разбору актуальных научных статей из области биоинформатики.
На каждое занятие выносится одна тема для обсуждения. В каждой теме выбираются пять статей, объединенных общей идеей. На каждую статью кураторы формируют группы студентов по 3-4 человека. Все участники должны представить доклад по прочитанной статье на 15 минут. После развивается дискуссия, в которой студенты и кураторы обсуждают и анализируют представленные статьи.
Вторая часть работы на семинаре состоит в том, что каждый участник должен будет вести "learning diary". Это дневник, в который он будет записывать краткий аналитический обзор прошедшего занятия. Другие участники читают статьи своих однокурсников и продолжают обсуждение темы в дискуссиях.
Темы:
- Предсказание свойств белков по последовательности.
- Гистоновый код.
- Некодирующие РНК, их аннотация, возможно, только длинные некодирующие РНК.
- Neuroscience.
- Анализ комплексных заболеваний на основе NGS.
- Использование NGS в криминалистике.
- Множественное выравнивание.
- Структурная биология: предсказание фолдинга белка (его пространственной структуры).
- “Сложные” геномы: полиплоидные, высоко-вариативные (и пангеномы).
- Подходы к построению филогенетических деревьев.
- Сборка генома.
- GWAS.
- Белок-белковые взаимодействия.
- Эпигенетика.
- РНК и РНК-сборка, алгоритмы.
- Метагеномика.