Сборка геномов
Курс: Биоинформатика.
Преподаватель: Яна Сафонова.
Ассистенты: Антон Банкевич.
Даты: Feb 2016 — May 2016.
Темы занятий:
- Введение в задачу сборки генома и ее применения. Характеристики технологий секвенирования. Базовые подходы. Алгоритмы коррекции ошибок. Способы оценки качества геномных сборок.
- Подход, основанный на использовании графа перекрытий. Применение данного подхода к Sanger ридам и длинным ридам третьего поколения.
- Подход, основанный на использовании графа де Брюйна. Наиболее популярные ассемблеры, использующие граф де Брюйна.
- Повторы - узкое место задачи сборки генома. Алгоритмы разрешения повторов и некоторые теоретические конструкции.
- Сборка больших геномов.
- Сборка диплоидных геномов и восстановление гаплотипов.
- Сборка метагеномных данных.