Биотехнологии, осень 2013 - весна 2014
Курс: Биотехнологии.
Преподаватель: Павел Добрынин.
Даты: Nov 2013 — May 2014.
Программа курса:
1. Свойства ДНК. ПЦР
Что такое ДНК. Центральная догма молекулярной биологии. Репликация ДНК. Транскрипция и трансляция. ПЦР, основные типы ПЦР и детекция результатов.
2. Технологии секвенирования первого поколения
Краткая история секвенирования. Секвенирование по Максаму-Гилберту. Секвенирование по Сангеру. Автоматизация секвенирования по Сангеру. иерархическое шотган секвенирование и полногеномное шотган секвенироание.
3. Технологии секвенирования следующего поколения, часть 1
Концепция NGS. Обзор технологий NGS (Roche454, SOLiD, Illumina ). Сравнение технологий первого поколения и NGS. Изучения основных параметров у машин NGS.
4. Технологии секвенирования следующего поколения, часть 2
Продолжение обзор технологий NGS (ionTorrent, Helicose, PacBio). Тенденции в развитии NGS. Применение NGS для решения различных биологических задач.
5. Обзор методов секвенирования Oxford Nanopore Technologies и Quantum Biosystems
Обзор методов секвенирования, которые находятся на стадии испытаний и возможно станут доступны в ближайшее время. Секвенирование одной молекулы ДНК. Секвенирование без использование реактивов.
6. Понятие и структура гена
Экзоны и интроны. Сплайсинг. Генотип и фенотип. Аллели.
7. Физические карты генома
Рестрикционная и оптические карты. Генетические карты. Карты радиационных гибридов. BAC - карта.
8. Регуляторные элементы в геноме. Цис- и транс- регуляторные элементы. РНК интерференция.
9. Изучение структуры ДНК методами основанными на гибридизации
ДНК-ДНК гибридизация. ДНК-Белок гибридизация. Примеры решения биологических задач с использованием методов основанных на гибридизации.
10. Контрольная работа
11. Секвенирование РНК
Подходы к секвенированию РНК. Обзор задач которые позволяет решить секвенирование РНК. Анализ уровня экспрессии. Сборка транскриптома de novo. Скафолдинг.
12. Анализ метилирования ДНК
Для чего нужно изучать метилирование. Бисульфитное секвенирование и ChIP-seq.
13. Роль пост-трансляционных модификаций гистонов и методы их изучения
Структура и роль гистонов. Варианты модификаций. Гистоновый код.
14. Экзамен