Биотехнологии, весна 2015

Курс позволит ознакомиться с основными методами генной инженерии, протеомики, геномного редактирования, анализа экспрессии генов, модификаций хроматина.

В рамках этого курса студенты узнают об основных методах генной инженерии, применяемых в лабораторной практике, об актуальных и появляющихся технологиях секвенирования ДНК. В рамках программы также предусмотрено ознакомление со способами анализа экспрессии генов, модификаций хроматина, взаимодействия белков с ДНК, белок-белковых взаимодействий, протеомов. Прослушав этот курс, студенты разберутся в биологических методах, требующих биоинформатики для анализа полученных данных, и смогут интерпретировать результаты анализа.

Программа курса:

1. Генная инженерия, основные генноинженерные методы.
2. Секвенирование ДНК, обзор секвенирования первого поколения (Сэнгер, Максам-Гилберт), Human Genome Project.
3. Секвенирование второго поколения. Секвенирование синтезом (Illumina, 454, IonTorrent, PacBio), секвенирование лигированием (SOLiD). Методические подходы к пробоподготовке (single-cell секвенирование, обогащение образцов)
4. Секвенирование третьего поколения (Oxford Nanopore и др.)
5. Анализ экспрессии генов, ПЦР в реальном времени, ДНК-микрочипы, RNAseq. Структура гена, альтернативный сплайсинг.
6. Регуляторные элементы в геноме, анализ взаимодействий белков и ДНК, ChIP, ChIPseq.
7. Модификации хроматина, метилирование ДНК, гистоновый код, способы анализа метилирования ДНК, бисульфитное секвенирование.
8. Анализ белок-белковых взаимодействий, сети белок-белковых взаимодействий.
9. Протеомика, хроматография, масс-спектрометрия. Посттрансляционные модификации.
10. Геномное редактирование.

Итоговая аттестация: зачет.