Биоинформатика (семинар), весна 2013

Курс: Биоинформатика.

Преподаватель: Николай Вяххи.

Даты: Feb 2013 — May 2013.

Научные семинары по биоинформатике проходят еженедельно в формате "Journal Club" - каждая встреча посвящена разбору конкретной биоинформатической статьи. 

Цель семинара - предоставить возможность студентам узнать что-то новое в области биоинформатике, поделиться знаниями с коллегами, а также подискутировать на соответствующие темы. 

Каждый из участников находится в одной из следующих ролей: докладчик, критик или слушатель. Докладчики и критики меняются от семинара к семинару. Перед семинарами рассылаются материалы, с которыми необходимо ознакомиться перед занятием.

Подробности и условия получения зачета описаны в файле README.

Координаторы семинара: Сергей Лебедев, Екатерина Соса.

# Лекции и файлы Дата и время
1 2011 – Efficient counting of k-mers in DNA sequences using a bloom filter

Доклад: А. Кладов, критика: С. Лебедев.

PDF icon critique1.pdf, PDF icon slides1.pdf 		16 Feb 2013 - 12:00 to 14:00
2 2012 – Succinct de Bruijn Graphs

Доклад: К. Фёдоров, критика: К. Крашенинникова.

File prerequisites.docx, PDF icon slides2.pdf, PDF icon critique2.pdf 		2 Mar 2013 - 12:00 to 14:00
3 2003 – Fast sequence clustering using a suffix array algorithm

Доклад: М. Степачёв, критика: Н. Ситдыкова.

File prerequisites_2.docx, PDF icon critique3.pdf, PDF icon slides3.pdf 		9 Mar 2013 - 12:00 to 14:00
4 2012 – GraphClust alignment-free structural clustering of local RNA secondary structures

Доклад: П. Яковлев, критика: А. Малова.

File prerequisites_3.docx, PDF icon slides4.pdf 		16 Mar 2013 - 12:00 to 14:00
5 2010 – Identifying SNPs without a Reference Genome by Comparing Raw Reads

Доклад: М. Колмогоров, критика: И. Минкин.

PDF icon critique5.pdf, PDF icon slides5.pdf 		23 Mar 2013 - 12:00 to 14:00
6 2012 - A single source k-shortest paths algorithm to infer regulatory pathways in a gene network

Доклад: Е. Старостина, критика: М. Липович.

PDF icon slides_-_e._starostina.pdf, PDF icon critique_-_lipovich_m.m.pdf

File prerequisites_4.docx 		30 Mar 2013 - 12:00 to 14:00
7 2012 - Functional Site Prediction by Exploiting Correlations between Labels of Interacting Residues

Доклад: А. Белобородов, критика: К. Фёдоров.

PDF icon slides_-_a._beloborodov.pdf, Microsoft Office document icon critique_-_k._feodorov.doc 		6 Apr 2013 - 12:00 to 14:00
8 2012 - Lightweight LCP Construction for Next-Generation Sequencing Datasets

Доклад: А. Малова, критика: Е. Старостина.

PDF icon critique_-_e._starostina.pdf 		20 Apr 2013 - 12:00 to 14:00
9 2013 - Reference-assisted chromosome assembly

Доклад: И. Минкин, критика: П. Яковлев.

PDF icon slides_-_i._minkin.pdf, PDF icon critique_-_p._yakovlev.pdf 		27 Apr 2013 - 12:00 to 14:00
10 2013 - Filtering duplicate reads from 454 pyrosequencing data

Доклад: Н. Ситдыкова, критика: М. Колмогоров.

PDF icon slides_-_n._sitdykova.pdf, PDF icon critique_-_m._kolmogorov.pdf 		18 May 2013 - 12:00 to 14:00
11 2013 - Multiple consensus trees a method to separate divergent genes

Доклад: А. Афанасьев, критика: А. Белобородов

PDF icon slides_-_a._afanasiev.pdf 		25 May 2013 - 12:00 to 13:30
12 2011 - A hierarchical approach to protein fold prediction.

Ревью: А. Диевский.

PDF icon critique_-_fold_-_a_dievsky.pdf 		13 Jun 2013 - 07:00
13 2013 - BeAtMuSiC: prediction of changes in protein-protein binding affinity on mutations.

Ревью: А. Диевский.

PDF icon critique_-_binding_-_a_dievsky.pdf 		13 Jun 2013 - 07:00