Биоинформатика (семинар), 2012
Курс: Биоинформатика.
Преподаватель: Николай Вяххи.
Даты: Sep 2012 — Dec 2012.
Для зачета необходимо:
- Посещение (всех кроме максимум одного семинара).
- Доклад на выбранную тему на английском языке: 1 час, 2-3 статьи.
- Критика: делается ДО доклада по одной из статей, 1 страница.
- Обзор: делается ПОСЛЕ доклада, 2-3 страницы.
Слайды к докладу необходимо показать преподавателю за 1 неделю до семинара. А потом, исправив по замечаниям, показать окончательную версию за 2 дня до семинара.
Формат семинара позаимствован из курса Serafim Batzoglou. На странице курса (исключительно в целях вдохновения) можно посмотреть список статей по каждой теме, а также примеры презентаций, критик, обзоров.
| # | Лекции и файлы | Дата и время |
|---|---|---|
| 1 |
Ориентировка Обсудили формат семинара, распределили темы. |
15 Sep 2012 - 12:00 to 13:30 |
| 2 |
miRNA Discovery & Prediction Algorithms Talk: Сергей Лебедев, Critique: Илья Минкин, Summary: Ксения Крашенинникова.  slides.pdf, critique.pdf |
27 Oct 2012 - 10:00 to 11:30 |
| 3 |
DNA sequence compression Talk: Алексей Диевский, Critique: Ирина Горбунова, Summary: Сергей Лебедев. References: Bose T, Mohammed MH, Dutta A, Mande SS., BIND – An algorithm for loss-less compression of nucleotide sequence data; Hsi-Yang Fritz M, Leinonen R, Cochrane G, Birney E., Efficient storage of high throughput DNA sequencing data using reference-based compression; Yanovsky V., ReCoil - an algorithm for compression of extremely large datasets of DNA data. |
10 Nov 2012 - 11:00 to 12:30 |
| 4 |
Protein-protein Interaction Prediction Talk: Ксения Крашенинникова, Critique: Анна Иголкина, Summary: Алексей Диевский. slides.pdf, critique.pdf |
24 Nov 2012 - 11:00 to 12:30 |
| 5 |
Genome-wide Association Studies Talk: Сергей Князев, Critique: Алексей Диевский, Summary: Анна Иголкина. slides.pdf critique.pdf |
24 Nov 2012 - 12:00 to 13:45 |
| 6 |
Synthetic biology Talk: Анна Иголкина, Critique: Сергей Князев, Summary: Ирина Горбунова. slides.pdf critique.pdf |
1 Dec 2012 - 13:00 to 14:30 |
| 7 |
Finding cancer driver mutations Talk: Илья Минкин, Critique: Сергей Лебедев, Summary: Сергей Князев. slides.pdf critique.pdf |
8 Dec 2012 - 11:00 to 12:00 |
| 8 |
Metagenomics Talk: Ирина Горбунова, Critique: Ксения Крашенинникова, Summary: Илья Минкин. critique_m.pdf |
8 Dec 2012 - 12:00 to 13:30 |