Практикум по биоинформатике, осень 2014
Курс: Биоинформатика.
Преподаватель: Павел Добрынин.
Ассистенты: Кирилл Григорьев.
Даты: Sep 2014 — Dec 2014.
Курс посвящен изучению методов работы с геномными данными.
В течение курса будут рассмотрены различные методы аннотации геномов. Студенты познакомятся с многообразием существующих биоинформатических инструментов для выполнения этих задач и с принципами выстраивания из них пайплайнов.
Программа курса:
- Поиск генов в геноме (гомологов и de novo)
- Анализ транскриптомных данных
- Аннотация повторов
- Short read alignment
- SNV calling и фильтрация
- SNV annotation
- CNV annotation
Зачетная оценка по курсу будет выставляться на основе выполненных домашних заданий, промежуточных тестов и лабораторных работ в течение семестра.