Практикум по биоинформатике, весна 2015

Теоретическая часть курса предназначена для студентов-биологов. Будет проведено 5 лекций по анализу данных, полученных с помощью технологий секвенирования нового поколения (NGS), которые завершатся зачетным занятием. 

Программа лекций для биологов:

1. NGS pipelines overview

2. Pre-processing and quality control, alignment of reads to a reference genome

3. DNA-sequencing pipelines: variant calling, variant annotation, somatic mutations in cancer

4. RNA-sequencing pipelines

5. Epigenetic: bisulfite sequencing and ChIP-seq

6. Tests

Курс посвящен знакомству с подходами и методами анализа данных высокопроизводительного секвенирования. Будут рассмотрены основные биологические задачи, для решения которых используются соответствующие инструменты. Формат курса предполагает работу с небольшими тестовыми наборами данных, позволяющую понять принципы работы программ и сферу их применимости, а также проекты, посвященные самостоятельной работе студентов с реальными данными. Студенты-биологи научатся применять отдельные программы и пайплайны из них для решения биологических задач.

Итоговая аттестация: зачет.