Алгоритмы в биоинформатике
Курс: Алгоритмы в биоинформатике.
Преподаватель: Николай Вяххи.
Даты: Feb 2012 — May 2012.
Определения к экзамену:
- Поиск мотивов: перебор, поиск с ошибками, эвристические подходы.
- Геномные перестройки: нахождение минимального расстояния по перестройкам, инверсии, транслокации, транспозиции. Вычисление 2-break distance. GRIMM. DRIMM.
- Редакционное расстояние. Парное и множественное выравнивание. Матрицы оценки, PAM, BLOSUM. Аффинная модель вставки. Парное выравнивание с линейной памятью. Эвристические алгоритмы множественного выравнивания. Guide tree. Pfam.
- Третичная структура РНК, предсказание третичной структуры.
- Определение и аннотация генов. Открытые рамки считывания. Статистические методы и методы, основанные на сравнении. Скрытые марковские модели для поиска генов.
- Графы и секвенирование ДНК. Алгоритмы сборки геномов. Методы исправления ошибок в данных секвенирования. Сборка метагенома.
- Масс-спектрометрия и протеомика. Поиск пептидов в базах данных, восстановление пептидов де-ново по масс-спектру.
- Поиск шаблонов. Алгоритм Кнута-Мориса-Пратта. Суффиксные деревья, массивы, автоматы. Преобразование Барроуза-Виллера. Поиск с ошибками. FASTA. BLAST.
- Молекулярная эволюция, филогения. Построение эволюционных деревьев.
| # | Лекции и файлы | Дата и время |
|---|---|---|
| 1 |
Gene Prediction bioalgo-2012-01-gene-prediction-stat.pdf, bioalgo-2012-01-gene-prediction-sim.pdf |
18 Feb 2012 - 11:00 to 12:30 |
| 2 |
Graphs, DNA Sequencing bioalgo-2012-02-graphs.pdf |
25 Feb 2012 - 11:00 to 12:30 |
| 3 |
RNA bioalgo-2012-02-rna.pdf |
25 Feb 2012 - 12:45 to 14:15 |
| 4 |
Computational Mass Spectrometry Занятие ведет Кира Вяткина (http://www.math.spbu.ru/user/kira). bioalgo-2012-03-massspec.pdf |
10 Mar 2012 - 11:00 to 14:15 |
| 5 |
Randomized Algorithms bioalgo-2012-03-randomized.pdf |
31 Mar 2012 - 10:00 to 11:30 |
| 6 |
Hidden Markov Models http://www.biology.wustl.edu/gcg/hmmanalysis.html http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/14/9/755.long bioalgo-2012-04-hmm.pdf |
7 Apr 2012 - 10:00 to 11:15 |
| 7 |
Семинар bioalgo-problems-2012-spring.txt |
13 May 2012 - 10:00 to 11:15 |
| 8 | Approximate Pattern Matching | 19 May 2012 - 10:00 to 11:30 |