Алгоритмы в биоинформатике

Курс: Алгоритмы в биоинформатике.

Преподаватель: Николай Вяххи.

Даты: Feb 2012 — May 2012.


Определения к экзамену:

  • Поиск мотивов: перебор, поиск с ошибками, эвристические подходы.
  • Геномные перестройки: нахождение минимального расстояния по перестройкам, инверсии, транслокации, транспозиции. Вычисление 2-break distance. GRIMM. DRIMM.
  • Редакционное расстояние. Парное и множественное выравнивание. Матрицы оценки, PAM, BLOSUM. Аффинная модель вставки. Парное выравнивание с линейной памятью. Эвристические алгоритмы множественного выравнивания. Guide tree. Pfam.
  • Третичная структура РНК, предсказание третичной структуры.
  • Определение и аннотация генов. Открытые рамки считывания. Статистические методы и методы, основанные на сравнении. Скрытые марковские модели для поиска генов.
  • Графы и секвенирование ДНК. Алгоритмы сборки геномов. Методы исправления ошибок в данных секвенирования. Сборка метагенома.
  • Масс-спектрометрия и протеомика. Поиск пептидов в базах данных, восстановление пептидов де-ново по масс-спектру.
  • Поиск шаблонов. Алгоритм Кнута-Мориса-Пратта. Суффиксные деревья, массивы, автоматы. Преобразование Барроуза-Виллера. Поиск с ошибками. FASTA. BLAST.
  • Молекулярная эволюция, филогения. Построение эволюционных деревьев.

 

# Лекции и файлы Дата и время
1 Gene Prediction

PDF icon bioalgo-2012-01-gene-prediction-stat.pdf, PDF icon bioalgo-2012-01-gene-prediction-sim.pdf
18 Feb 2012 - 11:00 to 12:30
2 Graphs, DNA Sequencing

PDF icon bioalgo-2012-02-graphs.pdf
25 Feb 2012 - 11:00 to 12:30
3 RNA

PDF icon bioalgo-2012-02-rna.pdf
25 Feb 2012 - 12:45 to 14:15
4 Computational Mass Spectrometry

Занятие ведет Кира Вяткина (http://www.math.spbu.ru/user/kira).

PDF icon bioalgo-2012-03-massspec.pdf
10 Mar 2012 - 11:00 to 14:15
5 Randomized Algorithms

PDF icon bioalgo-2012-03-randomized.pdf
31 Mar 2012 - 10:00 to 11:30
6 Hidden Markov Models

http://www.biology.wustl.edu/gcg/hmmanalysis.html http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/14/9/755.long

PDF icon bioalgo-2012-04-hmm.pdf
7 Apr 2012 - 10:00 to 11:15
7 Семинар

Plain text icon bioalgo-problems-2012-spring.txt
13 May 2012 - 10:00 to 11:15
8 Approximate Pattern Matching 19 May 2012 - 10:00 to 11:30