Выездной семинар по системной биологии 2016

Санкт-Петербург, 16-21 мая

Список участников 

Третий год подряд Институт биоинформатики и Университет ИТМО организовывают семинар по системной биологии с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University. В 2016 году он снова пройдет за городом, что позволяет всем участникам максимальное количество времени посвятить занятиям. 

Семинар сфокусируется на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии, отдельно останавливаясь на биологических основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез. Мы рассмотрим подходы к генерации полно-геномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования, до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Каждый день семинара будет состоять из нескольких теоретических лекций в сопровождении практических модулей, в которых участники смогут пройти полный путь по биоинформатической обработке и анализу полно-геномных экспериментов, а также обсудить биологические следствия полученных результатов. 

Формат

Пятидневный семинар пройдет в пригороде Санкт-Петербурга - загородном клубе «Дача». Теоретические занятия будут сопровождаться практическими, на которых участники смогут самостоятельно выполнить простые вычисления и обсудить биологические выводы. 

Рабочими языками семинара являются русский и английский (слайды).

Программа

  • Введение в секвенирование. РНК-секвенирование и анализ экспрессии генов. 
  • Медицинская и популяционная генетика. 
  • Транскрипционная и эпигенетическая регуляция. 
  • Метаболическая регуляция и введение в метаболомику.

Подробная программа

Специальный гость

Марк Дейли (PhD)           Harvard University, Massachusetts General HospitalBroad Institute

Марк Дейли - один из основателей и лидеров современной статистической генетики. Его фундаментальные работы совместно с Дэвидом Альтшулером и Эриком Ландером заложили основу нынешних методов анализа данных геномного и экзомного секвенирования. Марк является со-директором отделения медицинской и популяционной генетики в институте Броада. Несколько раз по результатам Thomson Reuters/ISI признавался одним из 10 наиболее цитируемых ученых. В 2010 году основал и стал руководителем отделения аналитической и трансляционной генетики в госпитале штата Массачусеттс (MGH, лучшая больница в США по результатам 2015 года/USnews). Под его руководством отделение специализируется на проведении масштабного анализа данных секвенирования и создания новых вычислительных инструментов.

Спикеры

Максим Артемов (PhD)   Washington University in St. Louis

Александр Предеус (PhD) Bioinformatics Institute, SPb

Никита Артемов               Harvard University, Massachusetts General HospitalBroad Institute

Подробная информация о спикерах (на английском).

Участники 

Мы приглашаем участников из академических заведений и из коммерческих компаний - всех, кто хочет узнать о подходах, используемых в математической и системной биологии, и их применениях. Необходимо базовое знание биологии, а также работы в командной строке Linux (рекомендуем пройти бесплатный онлайн-курс «Введение в Linux» тем, кто не уверен в своих знаниях). 

Отбор на семинар проводится на конкурсной основе. 

Прием заявок в 2016 году закрыт

Организационные взносы

Участие в семинаре платное. Взнос покрывает проживание, трансфер, питание и сопутствующие материалы.

  • За подачу заявки до 1 февраля предоставляется скидка 10% от стоимости участия при успешном прохождении конкурсного отбора. 
  • Лучшим академическим заявкам будут предоставлены гранты от организаторов. 
  • Скидка 30% для студентов и выпускников Института биоинформатики. 

Договор оферта.

Партнерские предложения

Мы будем рады новым партнёрам и предложениям о сотрудничестве!