Group Meetings

Груп-митинги проводятся каждые две недели при Институте биоинформатики (Кантемировская 2А, бизнес-центр Таймс, 4-й этаж). Приглашаются все желающие. Предварительное расписание доступно здесь. Информация и обсуждение груп-митингов проводится в нашей гугл-группе.

Среда, 19-е апреля 2017-го года.

1. Андрей Слабодкин: "Реконструкция и анализ эволюции B-клеток на основе данных иммуносеквенирования."

2. Иван Толстоганов: "Algorithms for read cloud assembly."

Среда, 29-е марта 2017-го года.

1. Сергей Чернов: "Приложение SILAC данных к исследованию антибиотиков."

Среда, 14-е декабря 2016-го года.

1. Иван Толстоганов: "Algorithms for read cloud assembly."

2. Андрей Слабодкин: "Клональные деревья не только B-клеток, и почему филогения здесь ни при чем."

Среда, 7-е декабря 2016-го года.

1. Тимофей Проданов: "Immunoglobulin-Encoding Loci in Vertebrates." 

Среда, 30-е ноября 2016-го года.

1. Сергей Чернов:  "In silico identification of Natural Products Through Database Search of Mass Spectra."

2. Николай Ромащенко: "Overcoming challenges of comparative metagenomics: nearest neighbour search."

Среда, 16-е ноября 2016-го года.

1. Ирина Щукина: "RNA-editing phenomena: approaches for detecting from RNA-seq data."

2. Иван Дмитриевский: "Methods for Estimating Ancestry in Admixed Populations."

Среда, 19-е октября 2016-го года.

1. Екатерина Эсаулова: "Next-generation sequencing and cancer immunology: lessons learnt from data analysis and pipeline development for patient-specific therapy."

Среда, 10-е августа 2016-го года.

1. Никита Алексеев: "Comparative Genomics Meets Topology: a Novel View on Genome Median and Halving Problems."

2. Юрий Барбитов: "Catching hidden variation: systematic correction of reference minor alleles in clinical variant calling data."

Среда, 29-е июня 2016-го года.

Докладчики:

1. Михаил Скоблов: "Презентация лаборатории функционального анализа генома (МФТИ): Исследование функции генов."

2. Илья Корвиго:  “Презентация лаборатории функционального анализа генома (МФТИ): Adding function to prediction.”

Четверг, 16-е июня 2016-го года.

Докладчики:

1. Александр Тяхт: "Имя им метагеном: биоинформатика микробиоты."

2. Оксана Айзсилниекс:  “ВИЧ и лимфопролиферация: влияние ретровирусной инфеции на иммунный статус и вероятность онкологических заболеваний.”

Среда, 1-е июня 2016-го года.

Докладчики:

1. Антон Александров: "Использование свёрточной нейронной сети для предсказыавния взаимодействия молекулы MHC и пептида."

2. Иван Арбузов: "Использование анализа безмасштабных графов для облегчения интерпретации результатов поиска родственных фенотипов в базе GeneQuery."

Среда, 11-е мая 2016-го года.

Докладчики:

1. Антон Банкевич: "Analysis and applications of TruSeq Synthetic Long Reads Technology."

2. Святослав Сидоров: "Анализ экспрессирующихся генов человека и мыши, обогащенных по гистоновой модификации H3K9me3."

Среда, 20-е апреля 2016-го года.

Докладчики:

1. Владимир Ульянцев: "От сложных структур к сложным формулам: задачи биоинформатики на языках дискретной математики."

2. Юрий Барбитов: "Определение и аннотация вариантов в данных экзомного секвенирования."

Среда, 23-е марта 2016-го года.

Докладчики:

1. Кира Вяткина: "Анализ образцов белка с использованием метода de novo секвенирования аминокислотных последовательностей."

2. Святослав Сидоров: "Поиск топологически ассоциированных доменов хроматина: методы и приложения. Часть 2."

Среда, 9-е марта 2016-го года.

Докладчики:

1. Алексей Сергушичев: "Fast preranked GSEA, and how not to write in R."

2. Павел Добрынин: "Сборка и аннотация генома гепарда. История африканской популяции и поиск сигналов позитивной селекции."

Среда, 24-е февраля 2016-го года.

Докладчики:

1. Юрий Барбитов: "Контроль качества библиотек для полноэкзомного секвенирования."

2. Александр Предеус: "Анализ основных комплексов модификации и преобразования хроматина при помощи структурных методов и молекулярной динамики."

Среда, 16-е декабря 2015-го года.

Докладчики:

1. Иван Арбузов: "Анализ и стратегии устранения недостатков статистических алгоритмов, используемых для поиска генного обогащения."

2. Святослав Сидоров: "Поиск топологически ассоциированных доменов хроматина: методы и приложения. Часть 1."

Среда, 2-е декабря 2015-го года.

Докладчики:

1. Андрей Пржибельский: "De novo transcriptome assembly: Does anybody even need it?."

2. Александр Предеус: "Gene Set Analysis: почему интерпретировать глобальные генетические изменения труднее, чем кажется."

Среда, 18-е ноября 2015-го года.

Докладчики:

1. Константин Зайцев: "ClusDec – clustering approach to solving complete deconvolution problem."

2. Яна Сафонова: "Immunoinformatics: application of bioinformatics methods to personalized medicine."

Среда, 11-е ноября 2015-го года.

Докладчики:

1. Олег Шпынов: "Rule mining applications for epigenetics."

2. Петр Леонтьев: "Clustering gene expression data using GO and biological networks."

Среда, 21-е октября 2015-го года.

Докладчики:

1. Александр Предеус: "GeneQuery: A phenotype search tool based on gene co-expression clustering."

2. Алексей Сергушичев: "Как сетью поймать биологию? Использование сетевых моделей для формирования биологических гипотез. (Часть 2)"

Среда, 7-е октября 2015-го года.

Докладчики:

1. Сергей Казаков: "MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data."

2. Алексей Сергушичев: "Как сетью поймать биологию? Использование сетевых моделей для формирования биологических гипотез. (Часть 1)"

Среда, 23-е сентября 2015-го года.

Докладчики:

1. Алексей Диевский: "Zero Inflated Negative Binomial Restricted Algorithm (ZINBRA): a tool for analysing and comparing replicated ChIP-Seq data."

2. Александр Предеус: "Рыбно-медвежий детектив ч.2. Анализ дифференциальной экспрессии: нормализация, скрытые переменные, и проблемы существующих алгоритмов оценки значимости".

Пятница, 11 сентября 2015-го года. 

Докладчики:

1. Екатерина Эсаулова: "Integrated analysis of high-throughput profiling of virus-host interactions"

2. Егор Приказюк: "BroadPeaks: эффективная имплементация алгоритма нахождения широких пиков в экспериментах ChIP-Seq для гистонных модификаций"

3. Александр Предеус: "Рыбно-медвежий детектив: как публикация новых биоинформатических алгоритмов меняет возможности анализа транскриптомных экспериментов"