Биоинформатик в тридевятом царстве или двое программистов из ларца KNIME

В субботу 19 декабря состоялась гостевая лекция Олега Яснева (KNIME.com) «Биоинформатик в тридевятом царстве или двое программистов из ларца KNIME».

Лекция пройдет в Институте биоинформатики по адресу: Санкт-Петербург, Кантемировская ул. 2А, бизнес-центр "Таймс", 4 этаж.

Для посещения требуется зарегистрироваться


О чем пойдет речь

Несмотря на несерьезное название, на лекции разговор пойдет о важной проблеме в работе биоинформатика, почти любая реальная задача которого связана с обработкой и анализом больших данных. И решить задачу нужно не только правильно, но и эффективно. Процесс решения можно условно разделить на две части: «придумать», как решать, и «обучить» этому компьютер. И на лекции речь пойдет именно об эффективном «обучении».

Наивно реализованные алгоритмы работают неприемлемо долго, когда дело доходит до гигабайтов реальных данных. От биоинформатика уже требуются не просто базовые навыки программирования, но и знание технических нюансов. И даже у профессионального программиста уйдет немало времени, например, чтобы выгодно использовать возможности Hadoop при работе с Big Data. Так можно ли современному ученому обойтись без тщательного изучения кучи языков, библиотек и фреймворков и сосредоточиться именно на решении?

Олег Яснев расскажет про то, как это сделать, используя KNIME - профессиональную open-source платформу для обработки и анализа данных.

«Несмотря на сложность технологий, выглядит это все как конструктор, в котором можно собирать программы из кирпичиков. Кирпичики бывают на любой вкус и цвет: хотите data mining - пожалуйста, хотите Big Data - не вопрос, хотите биоинформатику - не поверите! Мировое сообщество активно внедряет в KNIME свои инструменты по анализу последовательностей и NGS, масс-спектрометрии, обработке изображений, хемоинформатике и прочему: SeqAn (Knut Reinert), EMBL-EBI Nodes, HCS Tools (Max Planck Institute), Knime4Bio (Pierre Lindenbaum) и другие», - объясняет Олег.

В конце лекции мы узнаем, счастливый ли у этой сказки конец, и причем тут был ларец.  

Для кого

Лекция предназначена в первую очередь для биоинформатиков и биологов.  Также она может быть полезна разработчикам в биологических областях, которым интересна пользовательская сторона вопроса, и тем, кто занимается работой с данными в других областях, но интересуется и имеет представление о биоинформатике. 

Большая часть лекции будет сконцентрирована на биологических/биоинформатических приложениях, поэтому слушателям желательно иметь базовый или выше уровень знаний, т.е. представлять (1) чем занимается биоинформатика и какие задачи решаются и (2) основы машинного обучения и статистики. 

О лекторе

Олег Яснев окончил Санкт-Петербургский академический университет по направлению «Алгоритмическая биоинформатика» в 2015 году. Сейчас работает в KNIME.com, разрабатывая платформу для промышленного анализа данных и data mining. По мере возможностей помогает биоинформатическим группам в её освоении.

Время: 19 Dec 2015, 16:00 — 18:00