Сборка геномов

Курс: Биоинформатика.

Преподаватель: Яна Сафонова.

Ассистенты: Антон Банкевич.

Даты: Feb 2016 — May 2016.


Темы занятий:

  1. Введение в задачу сборки генома и ее применения. Характеристики технологий секвенирования. Базовые подходы. Алгоритмы коррекции ошибок. Способы оценки качества геномных сборок.
  2. Подход, основанный на использовании графа перекрытий. Применение данного подхода к Sanger ридам и длинным ридам третьего поколения.
  3. Подход, основанный на использовании графа де Брюйна. Наиболее популярные ассемблеры, использующие граф де Брюйна.
  4. Повторы - узкое место задачи сборки генома. Алгоритмы разрешения повторов и некоторые теоретические конструкции.
  5. Сборка больших геномов.
  6. Сборка диплоидных геномов и восстановление гаплотипов.
  7. Сборка метагеномных данных.

Материалы