Алгоритмы в биоинформатике, осень 2015

Курс: Алгоритмы в биоинформатике.

Преподаватель: Алексей Шпильман.

Даты: Sep 2015 — Dec 2015.


В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательностей в больших текстах.

Предварительная программа:

  • Введение в молекулярную биологию: история исследования ДНК и белковых структур.
  • Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание.
  • Статистика выравниваний, мера сходства последовательностей.
  • Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
  • Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
  • Скрытые марковские модели в биоинформатике.
  • Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
  • Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации и построения филогенетических деревьев.
  • Алгоритмы поиска структур РНК.
  • Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
  • Чтение и сборка геномов.
  • Рентгеноструктурный анализ.
  • Молекулярная механика и докинг.

Итоговая аттестация: оценка


Материалы